"БутИлровать" -- расфасовывать в бутЫлки? Почему здесь происходит чередование гласных? Как будет выглядеть глагол, описывающий обработку бутиловым эфиром?

Здесь нет чередования, просто два слова - бутылка и бутилировать - были заимствованы русским языком в разное время. Специального глагола со значением "обрабатывать бутиловым эфиром" в русском языке нет (да и нужен ли он?).