допускается ли такое написание ? "Это решение было сложным, но если оно поможет остановить

Верная пунктуация: Это решение было сложным, но, если оно поможет остановить вирус, мы готовы. В сложноподчиненном предложении может ставиться тире вместо запятой, но обычно это бывает, если придаточное находится в начале предложения, а не между двумя главными, как в данном случае.