В фразе "оплата не освобождает Сторон(ы) от ..." правильно писать Сторон или Стороны? Почему именно такое написание надо применять?

Правильно: _оплата не освобождает Стороны от..._ _Сторона_ склоняется как неодушевленное существительное, поэтому винительный падеж совпадает с именительным.