Секретариат пишется с прописной или заглавной?

Прописная и заглавная буква – это одно и то же (большая буква). Маленькая буква называется строчно/й.
Слово _секретариат_ пишется с прописной буквы как первое слово официального названия организационно-руководящего органа международного объединения, например: _Секретариат Совета Европы_. В значении "отдел учерждения, организации; орган совещания, конференции и т. п." слово _секретариат_ пишется со строчной буквы: _секретариат съезда_.