какой вариант предпочтительнее: "предоставить документы" или "представить документы". Есть ли между этими вариантами смысловое различие?

Оба варианта верны. Предоставить здесь – "передать, вручить, дать возможность распоряжаться", представить – "предъявить, показать, продемонстрировать".