как правильно сказать: растения уничтожают микробЫ или микробОВ? Заранее благодарим.

Возможны варианты: уничтожать микробы и микробов. Но в данном контексте предпочтительно (в целях снятия падежной омонимии миробы им. п. - микробы в. п.): растения уничтожают микробов.