почему правильно 5 килограммов апельсинОВ, но 5 милиграммов апельсинА?

Честно говоря, трудно представить себе контекст, в котором можно было бы использовать второе сочетание (и посему трудно считать такое сочетание безупречным). Правильнее, видимо: 5 миллиграммов апельсинового сока.