У нас возник вопрос как будет склоняться в официальных документах наименование учреждения

Правильно так: Государственное образовательное учреждение среднего профессионального образования «Тольяттинский медицинский колледж» (ГОУ СПО «Тольяттинский медколледж»). Название в кавычках не склоняется: Государственного образовательного учреждения среднего профессионального образования «Тольяттинский медицинский колледж», Государственному образовательному учреждению среднего профессионального образования «Тольяттинский медицинский колледж» и т. д.