подскажите как правильно указывать в протоколах заседания комиссии: председатель или

Можно использовать оба слова, но есть некоторая разница в значении. Председатель – лицо, руководящее собранием, заседанием; председательствующий – тот, кто исполняет обязанности председателя (возможно, временно, в отсутствие председателя).