Как и когда правильно употреблять "в шестидесятые годы" и "в шестидесятых годах"?

Оба сочетания правильны: в шестидесятые годы и в шестидесятых годах. В справочнике Д. Э. Розенталя «Управление в русском языке» указано, что при обозначении десятилетий посредством порядковых числительных чаще употребляется форма предложного падежа: в шестидесятых годах.