почему смысл слов "одни" и "вдвоём" в контексте "мы с ней здесь только одни"/"мы с ней

В первом предложении слово только лишнее, так не говорят. Верно: Мы здесь одни. Так что в данном случае одинаковое значение у слова одни и сочетания только вдвоем. Это контекстные синонимы, то есть в другом контексте (например, если бы речь шла не о двух людях, а о трех) они синонимами могут и не быть.