Как правильно писать - не или ни в предложении: Да он как бы ни(не?) второй раз уже сына

Верно: как бы не второй (в значении "едва ли не второй"). Обратите внимание: фраза построена таким образом, что ее можно понять по-разному. Лучше перестроить ее, чтобы избежать разночтений.