Напомните им, что это не простое упражнение, а СКОРЕЕ оценка того, насколько эффективным было их обучение. Скажите, "скорее" нужно обособить?

Да, _скорее_ -- вводное слово, обособляется: _Напомните им, что это не простое упражнение, а, скорее, оценка того, насколько эффективным было их обучение_.