У меня два вопроса: 1) как пишется слово метроритм (есть такой термин у музыкантов); 2) уместно ли при написании научных работ в словах использовать букву ё или целесообразнее писать е?

1. Вы написали правильно.
2. Употребление буквы Ё в современном русском языке факультативно (необязательно). Но любой текст по желанию автора может быть написан с последовательным употребление буквы Ё (т. е. с написанием ее везде, где она должна быть).