Хочу удостовериться в корректности данных фраз с точки зрения пунтуации. 1. указать, в соответствии с какими данными выполнена проверка основы 2. указать, какие программные средства использовались Каким правилом в этих случаях руководствоваться?

Пунктуация в обоих случаях верна. Это сложные предложения, в первом предложении первая часть -- _указать_, вторая -- _какие программные средства использовались_; во втором предложении первая часть -- _указать_, вторая -- _в соответствии с какими данными выполнена проверка основы_. Между частями сложного предложения ставится запятая.