Скажите можно ли Йене Якоб Берцелиус сократить как Й.Я. Берцелиус? Екатерина Владимировна.

Можно, но надо поставить дефис между инициалами, чтобы было понятно, что это иностранное имя: _Й.-Я. Берцелиус_.