Если вы говорите "в городе ПензЕ", то можно ли сказать "на острове Крите, у острова Крита, в форде Боярде"?

Нет, так сказать нельзя. Названия островов, выступающие в функции приложения, как правило, не склоняются. Правильно: _на острове Крит, у острова Крит_ (хотя: _мимо острова Буяна, в царство славного Салтана..._). Название форта тоже не следует склонять, т. к. оно заимствованное, не вполне освоенное русским языком.