по какому правилу склоняются сложные существительные, например, счет-фактура, генерал-майор и т.п

Сложносоставные слова типа _плащ-палатка, кран-балка_, с тесно слившимися частями, склоняются только во второй части: _плащ-палатки_. При меньшей спаянности составных частей литературная норма предписывает склонение обеих частей: _у инженера-экономиста_. Исключение из этого правила составляет группа составных обозначений военных званий: _у генерал-майора_ (первая часть не склоняется).