А существует ли разница в значении или употреблении слов "нестыковка" и "несостыковка"?

Разница есть. Чтобы почувствовать разницу, следует ориентироваться на значение глаголов _стыковать_ и _состыковать_. У этих глаголов есть одно общее значение 'соединять, скреплять концы вплотную, встык'. Другие значения глаголов помечены как разговорные. _Стыковать_ - сочленять, соединять (_диссертация не стыкуется_); сводить людей друг с другом, быть посредником в знакомстве. _Состыковать_ - согласовать, увязать что-л. с чем-л. (_состыковать работу бригад_).