Объясните, разницу между родительным и винительным падежами. Ведь отличить их можно не только по вопросу, окончанию и предлогу, т.к. вопросы и окончания порой совпадают. Или в таких ситуациях определить падеж можно только по смыслу?

Если Вы имеете в виду случаи с одушевленными существительными, то определить падеж, можно, подставив вместо одушевленных существительных неодушевленные и определив их окончания, например: _вижу мальчика -- вижу стул_, но _не хватает мальчика -- не хватает стула_.