Скажите, являются ли насекомые (мухи, тараканы и т.п.) одушевленными предметами и почему? А также, бактерии и др.микроорганизмы?

Языкознание (точнее, его раздел - морфология) изучает не предметы, а слова. Поэтому одушевленными и неодушевленными являются не мухи и тараканы, а обозначающие их имена существительные. Грамматическая одушевленность слова не всегда совпадает с "биологической". Так, существительные кукла, покойник - одушевленные. Некоторые слова испытывают колебания в одушевленности / неодушевленности, что отражено в словарях русского языка. К числу таких слов относятся _бактерия, микроб, креветка_ и некоторые другие.