Я учился на факультете физической культуры и у нас все преподователи и студенты (в том числе и я) говорили легкоАтлеты вместо легкоатлЕты. Преподователи как-то это даже обосновывали (сейчас не помню). Как правильно?

Правильно: легкоатлеты. Ударение на А не соответствует литературной норме; по-видимому, для спортсменов такое «профессиональное» ударение – своего рода признак принадлежности к определенной, «своей» среде, то же, что наркомания (вместо наркомания) для медиков и дело возбуждено (вместо возбуждено) для сотрудников правоохранительных органов.